Ils tirent leur nom du fait qu'ils sont réalisés en même temps qu'une intervention chirurgicale dont le décours peut être modifié par leurs résultats.
Lorsque le prélèvement arrive au laboratoire, il fait l'objet d'une description macroscopique précise, suivie d'un ou deux prélèvements ciblés qui feront l'objet de coupes en congélation dans un cryostat, suivies de coloration.
Il ne s'agit donc pas de réaliser une étude détaillée de la pièce, mais bien de se concentrer sur les quelques éléments spécifiques qui sont de nature à modifier l'acte opératoire.
Les coupes en congélation étant impossible à réaliser sur du tissu adipeux, certains examens extemporanés sont impossible à réaliser, tandis que d'autres s'avèrent très difficiles (pathologie mammaire,...)
En raison d'une moins bonne qualité des lames obtenues par cette technique par rapport à une technique histologique classique, l'interprétation des lésions est également nettement plus difficile, ce qui entraîne plusieurs conséquences: